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作者们提到,2013年在中国云南采集的中华菊头蝠样本RaTG13和新冠病毒在核苷酸序列水平上相似性为96%。尽管存在这种序列相似性,但新冠病毒和RaTG13在许多关键的基因组特征上存在差异,其中最重要的一点是,新冠病毒包含了S蛋白S1和S2亚基交界处的一个多碱基(furin)酶切位点插入(PRRA残基)。

他介绍, 近期,媒体报道有的省出现零散的无症状感染者,并由此传染给他人。   无症状感染者具体是什么情况。张福杰 介绍首先,这种病例确实是存在的。国家卫生健康委《新型冠状病毒肺炎诊疗方案》第5版、第6版和第7版中都指出,传染源主要是新冠肺炎的患者,无症状感染者也可能成为传染源。国内外对无症状感染者均有报道,一般来说,与当地疫情的严重度有关系,疫情严重国家、地区的无症状感染者存在概率会高于疫情相对缓和的国家和地区。发生率是多少目前仍不能确定,因为只有通过大量深入的人群调查研究才可以获得比较准确的结论。

此前的观察显示,第一批报告的COVID-19病例和武汉的华南海鲜野生动物市场有关联。值得一提的是,张永振、霍尔姆斯等人曾在2014年亲身探访过该市场,霍尔姆斯提供的一张照片显示,当时该市场即出售野生动物。

张永振、霍尔姆斯此次在《细胞》的这篇评论文章中,将他们对这场新疫情致病病原体的鉴定,这种新冠状病毒和其他冠状病毒的比较,以及这种人畜共患病何时在人群中悄然出现等问题,均进行了描述和分析。

作者们认为,这些插入事件反映了正在进行的冠状病毒的自然进化。虽然RmYN02在S蛋白上与新冠病毒有相当大的差异(序列相似性大约72%),但在最长编码基因去1ab上亲缘关系最接近(核苷酸序列相似性大约97%)。

然而,也有证据表明,新冠病毒比SARS-CoV和MERS-CoV更具传染性,个体在无症状或处于有症状前的潜伏期即可传播病毒。

此次疫情临床病例开始出现后,张永振等人即试图确定致病病原体的基因组序列。他们的研究对象来自2019年12月26日入住武汉中心医院的一名患者,当时已经发病6天。该患者出现发热、胸闷、咳嗽、疼痛和虚弱,伴有肺部异常提示肺炎,这些症状随后在COVID-19中很常见。

然而,他们认为,试图确定重组事件的确切模式和基因组起源是困难的,特别是因为许多重组区域可能很小,而且随着对更多与新冠病毒相关的病毒取样,它们很可能还会发生改变。“为了解决这些问题,有必要再次对动物种群中的病毒多样性进行更广泛的采样。”

新冠病毒或有过一段在人群中的“隐秘传播”阶段

截至作者们撰写这篇文章,已经有近200个新冠病毒基因组公开可用,“代表了该病毒在中国及其它地区的基因组多样性,并提供了一个可自由获取的全球资源。”这些新冠病毒基因组序列数据的发布对诊断测试、疫苗和抗病毒药物的开发来说都至关重要。